پاناما بخشی از گرانادای جدید اسپانیا (کلمبیا) بود. در دهه ۱۸۸۰ کوشش فرانسویان در احداث کانالی در پاناما که اقیانوس اطلس را به آرام وصل کند ناموفق بود. از زمان جنگ ایالات متحده و اسپانیا در سال ۱۸۹۹ میلادی، ایالات متحده متوجه شد به مسیر کوتاهتری برای اینکه کشتی‌هایش از ساحل غربی کالیفرنیاخود را به ساحل شرقی این کشور برسانند، نیاز دارد. زیرا در آن زمان کشتی‌های آمریکایی برای اینکه از ساحل غربی به ساحل شرقی و بالعکس رفت و آمد کنند ناگزیر به دور زدن قاره آمریکای جنوبی از طریق تنگه ماژلانبودند. در آغاز کشور کلمبیا که در آن زمان پاناما جزو خاک این کشور بود از احداث کانال استقبال کرد اما در آخرین روزهای پیش از آغاز عملیات اجرایی نمایندگان مجلس کلمبیا از اینکه حاکمیت خود بر بخشی از قلمروی کشورشان را به بیگانگان واگذار کنند با طرح واشنگتن برای احداث کانال پاناما مخالفت کردند.
در پی این تصمیم، دولت تئودور روزولت، رئیس جمهور وقت آمریکا به طور آشکار ساکنان پاناما را به جدایی‌طلبی تشویق کرد و کشتی‌های جنگی آمریکا در ساحل مقابل شهرهای کولون و پاناما لنگر انداخته و مانع دخالت ارتش کلمبیا شدند.
پس از اعلام استقلال منطقه پاناما از کلمبیا در نوامبر سال ۱۹۰۳ میلادی ایالات متحده این کشور نوبنیاد را به رسمیت شناخته و در روز ۱۸ نوامبر قرارداد احداث کانال میان ایالات متحده و پاناما امضا شد. این کانال سرانجام در ۱۹۱۴ گشوده شد. براساس این قرارداد یک نوار خشکی به عرض ۸ کیلومتر از خاک پاناما مجزا شده و به آمریکا تعلق می‌گرفت. تا سال ۱۹۹۹ کنترل کانال پاناما در اختیار دولت آمریکا بوده و واشینگتن در ۳۱ دسامبر این سال این کانال رابه دولت پاناما بازپس داد.
از ۱۹۸۳ تا ۱۹۸۹ قدرت در پاناما عملا در دست ژنرال دیکتاتور، مانوئل آنتونیو نوریگابود. در سال ۱۹۸۹ میلادی حمله‌ای از جانب دولت وقت آمریکا به پاناما صورت گرفت و نوریگا در این حمله دستگیر شد و به «میامی» انتقال یافت. وی حدود ۲۰ سال به اتهام قاچاق موادمخدر و پول‌شوییدر زندان‌های آمریکا و فرانسه حبس بود و در ۱۱ دسامبر سال ۲۰۱۱ میلادی به پاناما بازگردانده شد.

یکی از آخرین تحولات بزرگ کره زمین، سه‌میلیون و چهارصد هزار سال پیش رخ داد. این تحول پیدایش خشکی باریکی بود که سرزمین پاناما نام گرفت. پیدایش پاناما، پل ارتباطی آمریکایی شمالی و جنوبی، امکان مهاجرت گونه‌های مختلف جانوری را فراهم کرد. این سرزمین خود اکنون غنی از گونه‌های کمیاب جانوری است.
کشور پاناما از شمال به دریای کارائیب، از مشرق به کلمبیا، از جنوب به خلیج پاناماو اقیانوس آرامو از مغرب به کستاریکامحدود می‌شود. پاناما باریکه‌ای است کوهستانی با جنگل‌های انبوه که آمریکای مرکزی را به آمریکای جنوبی پیوند می‌دهد. رودهای مهم آن توئیرا (با چوکوناکه)، بایانو، سانتاماریا و بلندترین نقطه آن قله آتشفشان‏ باروبا ۳۴۷۵ متر ارتفاع است.
اقلیم پاناما در ارتفاعات، معتدل، مرطوب و نسبتا پرباران و در جلگه‌های ساحلی، مرطوب و بارانی است. پاناما با تغییر دمای کم فصلی،آب و هوایی استوایی دارد.
رشته‌کوه‌های‏ نسبتا مرتفعی که از خاور به باختر این سرزمین کشیده شده‌اند که آن را به دو منطقهٔ شمالی و جنوبی تقسیم می‌کنند. چند رودخانه که همگی از ارتفاعات مرکزی سرچشمه می‌گیرند، این سرزمین را آبیاری می‌کنند که عمده‌ترین این رودها عبارتند از بایامو، توئیرا و چپو.
شهر پاناما با ۴۶۳۰۹۳ نفر جمعیت پایتخت کشور پاناما است و شهرهای پاناما و جمعیت آن‏ها طبق آمار سال ۱۹۹۶ عبارتند از: سان میگلیتوبا ۳۰۷۲۳۰، نفر و پنونوم با ۶۷۹۰۱ نفر.
خلیج‌های این کشور عبارتند از پاناما، لورابا، موسکیتوس، داروین، و سان میگوئل. با عرض کنونی کانال پاناما، تنها نفتکش‌های پاناماگذر، با ظرفیت جابه‌جایی ۵۰ هزار تن نفت توان حرکت در آن را دارند، اما طرح‌هایی برای تعریض این کانال در سال ۲۰۱۴ وجود دارد که در آن‌صورت نفتکش‌های افرامکسبا ظرفیت جابه‌جایی ۸۰ هزار تن نیز می‌توانند از آن عبور کنند.
جزایر اصلی پاناما، ری، کویبا، سباکو، جی کارون، پاریدا، و کولون هستند.